Trước thực tế này, Cục Thuế yêu cầu đẩy nhanh tiến độ giải quyết, phấn đấu không còn hồ sơ tồn quá hạn, đồng thời tăng cường ứng dụng dữ liệu để vừa tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, vừa kiểm soát gian lận thuế.
Theo số liệu Bộ Tài chính, tính đến hết ngày 30/9, cơ quan thuế đã ban hành 14.668 quyết định hoàn thuế GTGT, với tổng số tiền 149.463 tỷ đồng, bằng 86,4% dự toán hoàn thuế cả năm 2026 là 173.000 tỷ đồng. Cùng kỳ năm 2025, số quyết định hoàn thuế là 12.736, với tổng số tiền 102.379 tỷ đồng.
Như vậy, số tiền hoàn thuế đã tăng hơn 47.000 tỷ đồng, tương đương khoảng 46% so với cùng kỳ năm trước. Trong đó, hoàn thuế phục vụ xuất khẩu chiếm tỷ trọng lớn nhất, với khoảng 125.000 tỷ đồng, tương đương 84% tổng số tiền đã hoàn...
Kết quả trên cho thấy quy mô tiền hoàn thuế được giải quyết tăng đáng kể. Tuy nhiên, để đánh giá đầy đủ hiệu quả cải cách, cần xem xét thêm thời gian xử lý từng nhóm hồ sơ, tỷ lệ giải quyết đúng hạn và tình trạng hồ sơ tồn đọng.
Hiện tỷ lệ hoàn thuế điện tử đạt 99%, toàn bộ hồ sơ được áp dụng hệ thống tự động phân loại. Đáng chú ý, 87% hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” đã được giải quyết trong vòng 6 ngày làm việc kể từ khi cơ quan thuế nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế.
Cùng với việc ứng dụng công nghệ, Cục Thuế đã tham mưu Bộ Tài chính báo cáo Chính phủ hoàn thiện cơ sở pháp lý về hoàn thuế thông qua Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Thông tư số 89/2026/TT-BTC. Các quy định mới hướng tới đơn giản hóa hồ sơ, loại bỏ chứng từ và thông tin không cần thiết hoặc trùng lặp, đồng thời tạo cơ sở pháp lý cho việc triển khai hoàn thuế GTGT tự động.
Tuy nhiên, quá trình thực hiện vẫn còn những vướng mắc. Tại hội nghị về hoàn thuế GTGT do Cục Thuế tổ chức gần đây, đại diện Hiệp hội Doanh nghiệp đầu tư nước ngoài phản ánh việc xác minh chuỗi hóa đơn đầu vào có thể kéo dài khi nhà cung cấp hoạt động tại nhiều địa phương.
Hiệp hội đề xuất, nếu chỉ một số hóa đơn có dấu hiệu nghi vấn, cơ quan thuế nên xem xét giữ lại phần tiền hoàn tương ứng để xác minh, thay vì tạm giữ toàn bộ khoản đề nghị hoàn của dự án. Cách xử lý này được kỳ vọng giúp hạn chế ảnh hưởng đến dòng tiền và hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp trong thời gian chờ xác minh.
Bên cạnh đó, một số quy định về điều kiện khấu trừ, hoàn thuế còn phức tạp; dữ liệu quản lý phân tán, việc kết nối thông tin giữa cơ quan thuế với hải quan, ngân hàng, công an và các đơn vị liên quan chưa đầy đủ, kịp thời...
Nhằm đẩy nhanh tiến độ xử lý, ngày 2/10/2026, Cục Thuế đã ban hành Chỉ thị số 34/CT-CT về triển khai các giải pháp nâng cao hiệu quả giải quyết hoàn thuế GTGT. Chỉ thị yêu cầu cơ quan thuế các cấp thực hiện đồng bộ các giải pháp rút ngắn thời gian xử lý, tăng cường ứng dụng dữ liệu trong quản lý rủi ro và siết chặt kỷ cương, kỷ luật hành chính.
Theo đó, 100% hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT phải được tiếp nhận bằng phương thức điện tử. Cơ quan thuế cũng phải khai thác hiệu quả cơ sở dữ liệu quản lý thuế, bao gồm tờ khai thuế, hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan... Mục tiêu là bảo đảm 100% hồ sơ được giải quyết đúng hạn, trừ những hồ sơ có dấu hiệu gian lận, trốn thuế hoặc vi phạm pháp luật cần xác minh, kiểm tra.
Ông Mai Sơn, Phó Cục trưởng Cục Thuế yêu cầu cơ quan thuế thông tin rõ cho doanh nghiệp về tình trạng giải quyết hồ sơ. Trường hợp chưa đủ điều kiện hoàn, phải nêu cụ thể lý do, số tiền được hoàn, số tiền chưa được hoàn và những nội dung cần xác minh.
Bên cạnh yêu cầu đẩy nhanh tiến độ, Bộ Tài chính xác định ba nhóm giải pháp trọng tâm gồm hoàn thiện chính sách, đơn giản hóa thủ tục; đẩy mạnh số hóa, tự động hóa; nâng cao hiệu quả kiểm soát gian lận thuế.
Về thủ tục, cơ quan quản lý tiếp tục rà soát các quy định liên quan đến điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, loại bỏ những yêu cầu về thông tin, chứng từ trùng lặp. Một trong những yêu cầu đáng chú ý là không đề nghị người nộp thuế cung cấp lại thông tin mà cơ quan nhà nước đã có, qua đó giảm chi phí và thời gian tuân thủ.
Việc phân nhóm người nộp thuế theo mức độ tuân thủ và rủi ro cũng được đẩy mạnh. Với doanh nghiệp tuân thủ tốt, cơ quan thuế định hướng ưu tiên rút ngắn thời gian xử lý, kết hợp kiểm tra sau hoàn trên cơ sở quản lý rủi ro. Những hồ sơ có dấu hiệu bất thường sẽ được tập trung nguồn lực để kiểm tra, xác minh...
